交通运输部水运科学研究院成立于1956年，是综合性水路交通运输科研机构。 研究院主要围绕高新技术研究、行业发展咨询、工程设计承包、新技术产品开发、技术管理培训、航运产业等方面开展工作。
据2017年12月研究院官网显示，全院占地面积17.2万平方米，建筑面积6.6万平方米，资产总额19.4亿元；在职职工1022人，设有7个机关职能部门、7个院属支持机构、3个院管单位、13个院属企业、5个专门工作机构、挂靠8个学术组织、2个交通运输行业重点实验室、5个院级实验室、10个院级研究中心。
